Das Echte Johanniskraut ist in Europa, Westasien und Nordafrika heimisch. In Ostasien, Nord- und Südamerika und in Australien ist es eingebürgert worden. Man findet es in tiefen bis mittleren Höhenlagen. Es wächst verbreitet in Gebüschsäumen, an Waldrändern, Wegen und Böschungen, in Magerwiesen und -rasen, in Ginster- und Heidekrautheiden, in Brachen und Waldverlichtungen als Pionierpflanze.

Aufgrund der Verwendung als Heilpflanze wird das echte Johanniskraut landwirtschaftlich angebaut. Gleichzeitig gilt es im übrigen landwirtschaftlichen Anbau als unerwünschtes Unkraut.

Es werden vier Varianten unterschieden:

• Schmalblättriges Echtes Johanniskraut (var. angustifolium): Es hat kleinere Blüten und schmalere Blätter. Diese Variante enthält praktisch kein Rutin, was sie für die pharmazeutische Verwertung weitgehend unbrauchbar macht
  

• Breitblättriges Echtes Johanniskraut (var. latifolium): Es hat breitere Blätter und größere Blüten
  
• Kleinblättriges Echtes Johanniskraut (var. microphyllum): Es hat kleinere Blätter und kleinere Blüten
  
• Gewöhnliches Echtes Johanniskraut (var. perforatum)