Die Interaktion zwischen Ärzten und Patienten mit somatoformen Störungen ist häufig schwierig; nicht selten kommt es zu Abbrüchen der Beziehung und zu häufigen Arztwechseln („doctor-hopping“ oder „doctor-swapping“). Als Grund wird zumeist die Diskrepanz in den jeweiligen Ursachenüberzeugungen angesehen: der Arzt vermutet nach fehlendem Nachweis organischer Erklärungen psychogene Ursachen oder Simulation oder (häufig!), dass der Patient ihn belästigen will (also eine aus der Gegenübertragung gespeiste Interpretation des Patientenverhaltens). Möglicherweise werden keine oder falsche Diagnosen gestellt. Der Patient erlebt diese Situation mit großer Sorge und nimmt weiter organische Ursachen an, weil nur diese für ihn eine Legitimierung seiner Beschwerden bedeuten und fühlt sich vom Arzt nicht ernstgenommen.

Der Verlauf somatoformer Störungen wird in dieser Situation wesentlich vom Verhalten der Ärzte mitbestimmt: Wiederholte beschwerdegesteuerte organische Diagnostik trägt z. B. zur Chronifizierung bei.

Die Therapie besteht zunächst darin, ein tragfähiges Vertrauensverhältnis zu schaffen. Dazu muss in geeigneter Form über somatoforme Störungen und über das Wechselspiel von körperlichen und seelischen Prozessen informiert werden. Die eigentliche Arbeit des Arztes für Allgemeinmedizin besteht darin, den Patienten zu einer weiterführenden psychotherapeutischen Behandlung zu motivieren. Dies kann Jahre in Anspruch nehmen und wird trotz bestem Bemühen oft erfolglos bleiben.

Eine mehrwöchige Behandlung in einem Krankenhaus mit dem Schwerpunkt auf somatoforme Störungen wird von den Krankenkassen bezahlt.